La ciencia histórica señala que fue una colonia fundada hacia el 710 adC por los aqueos, resultando luego uno de los principales centros urbanos de la Magna Grecia, a punto tal que fue célebre su escuela de matemáticas dirigida por Pitágoras. Conspicuos ciudadanos de la antigua Crotona fueron otro filósofo, Filolao, y el quizás nada intelectual atleta ganador de las Olimpiadas Milón de Crotona.
Dionisio de Halicarnaso dice que se fundó en el 710 adC. El nombre derivaría de Croton, quien hospedó a Heracles, que le mató accidentalmente y fue enterrado en aquel lugar; Heracles fue el héroe tutelar de la ciudad y considerado el oikistés (fundador). La colonia prosperó pronto y se construyeron unas grandes murallas, sometiendo a los brucios de los alrededores. Fundó la colonia de Terina, en la costa del mar Tirreno, y la de Caulonia entre Terina y Locri. Las ciudades de Lametión o Lametini, en el golfo Hipónico, y Esciletio,[1] al otro lado del istmo, se cree que le estuvieron sometidas. Parece que estuvo en buenas relaciones con Síbaris, con la que compartía un origen común aqueo, aunque no llegó al nivel de riqueza y sofisticación de la ciudad vecina. Los habitantes de Crotona se ejercitaban en el deporte y ganaron gran número de premios en los Juegos Olímpicos (una vez se consiguieron siete primeros premios).El gobierno era oligárquico dirigido por un consejo de 100 miembros supuestos descendientes de los primeros colonos.
Siglo VI adC. En el siglo VI adC llegó a la ciudad Pitágoras (hacia el 540-530 adC) y estableció allí su escuela filosófica, que atrajo a muchos ciudadanos. Pitágoras utilizó su influencia con finalidad política, pero no se sabe demasiado de los cambios políticos y las revoluciones que trajo. Se sabe que además de la influencia que ejercía sobre el consejo y sobre muchos ciudadanos, tenía un cuerpo de 300 jóvenes seleccionados entre los discípulos más fieles, que influía en las deliberaciones del consejo. Con el tiempo la popularidad de Pitágoras decayó y estalló una revolución democrática contra su influencia; Pitágoras fue expulsado y el gran consejo derrocado, estableciéndose la democracia; otras ciudades de la Magna Grecia donde Pitágoras también había adquirido influencia, fueron también el teatro de revoluciones democrática. En los tiempos en que Pitágoras era influyente estalló una guerra con Síbaris que acabó cuando el ejército de Crotona dirigido por el atleta Milón, discípulo de Pitágoras, ganó la batalla del río Traeis y ocupó Síbaris, con la destrucción de esta última ciudad seguidamente (510 adC). Polibio dice que después de la expulsión de Pitágoras, Crotona hizo una alianza con Síbaris y Caulonia, pero como Síbaris ya estaba destruida, cabe pensar que fue con sus antiguos habitantes.Más tarde Crotona fue derrotada en el río Sagras por un ejército de Locri y Regio. Según Estrabón eso fue el principio de la decadencia (aunque hasta el siglo siguiente fue la principal ciudad de la Magna Grecia). La fecha no está fijada, y Justino dice que eso pasó antes del 540 adC, pero entra en contradicción con Estrabón que parece mejor informado. Siguiendo al último y a Diodoro Sículo la batalla se habría librado antes del 480 adC.
Siglos V y IV adC. Durante el siglo V adC, Crotona, fundó la colonia de Turios (Thurium) con la que firmó un tratado de alianza. Durante la expedición ateniense a Sicilia (415 adC-413 adC) observó una estricta neutralidad, proveyendo a los atenienses de provisiones pero negando el paso por tierra a las fuerzas de la expedición.En el 389 adC Dionisio el Viejo de Siracusa cruzó el estrecho y atacó a Caulonia, y Crotona encabezó la liga de ciudades griegas contrarias a Siracusa, pero las fuerzas confederadas fueron derrotadas en el río Heleporos y Dionisio entró en Caulonia, Hiponión y Esciletio (la última posesión de Crotona).[1] No consta en Diodoro que Crotona fuera atacada, pero Tito Livio dice que Dionisio el Viejo sorprendió la ciudadela de la ciudad y se apoderó de Crotona, que conservó una docena de años.A la caída del tirano, Crotona recuperó la independencia, pero en aquel tiempo el poder de Lucania y de los brucios había aumentado. Los brucios asediaron la ciudad y Crotona pidió ayuda a Siracusa, que envió un ejército dirigido por Heracleidas y Sosístratos, que en lugar de defender la ciudad entraron en las intrigas de los partidos locales lo que llevó a una o más revoluciones. Los brucios se retiraron mediante un tratado pero entonces la ciudad estaba en guerra con los miembros del partido derrotado que se habían exiliado. El ejército de la ciudad fue confiado al general Menedemos, que derrotó a los exiliados pero se hizo él mismo con el poder como déspota hasta que Crotona cayó en manos de Agatocles de Siracusa que estableció allí una guarnición; no se sabe cuanto tiempo la dominó, pero finalmente recuperó la independencia, aunque ya su poder era mucho menor.
Siglos III y II adCDurante la estancia de Pirro de Epiro en la Magna Grecia, Crotona recibió un destacamento romano. Rhegium se apoderó de Crotona por traición y los soldados romanos de la ciudad fueron muertos y la ciudad destruida en gran parte. Pasó a manos de Pirro, pero fue sorprendida y ocupada por los romanos dirigidos por el cónsul Cornelius Rufinus durante la ausencia de Pirro (277 adC). La ciudad, muy malograda y decaída, quedó en poder de Roma.Durante la segunda guerra púnica los brutios fueron aliados de los cartagineses. Esta alianza, bajo el mando del general Hannón, ocupó Crotona menos la ciudadela, que finalmente también se rindió; el partido aristocrático fue expulsado a Locri y un cierto número de brucios se estableció en la ciudad para cubrir la vacante de los expulsados. La ciudad tenía fortificaciones, una ciudadela y un puerto (que no era un buen puerto pero sí valía como estación naval) que la hacían importante militarmente y hacia el final de la guerra fue la principal plaza fuerte de los cartagineses. Aníbal estableció en la ciudad sus almacenes principales y la tuvo como cuartel durante tres inviernos. Esta guerra acabó de hundir la ciudad. Recuperada por los romanos al final de la guerra se estableció allí una colonia romana el 194 adC. Época romana Bajo dominio romano fue una ciudad provincial secundaria, con rango de colonia según las inscripciones encontradas (aunque Plinio el Viejo y Claudio Ptolomeo no mencionan esta condición), y no vuelve a ser mencionada para ningún acontecimiento relevante durante todo el imperio.El territorio de Crotona era bastante grande: hacia el norte llegaba hasta el río Hilias, y hacia el sur hasta los dominios de Lócride (entre medio de las colonias de Esciletión y Caulonia; hacia el oeste el límite era incierto. En las cercanías estaba el templo de Juno Lacinia en el promontorio del mismo nombre, y un templo de Hera, donde cada año se había una asamblea de las ciudades griegas de Italia; este templo fue profanado en 173 adC por el censor romano Q. Fulvius Flaccus, el cual se llevó los mármoles para adornar el Templo de la Fortuna Ecuestre que se estaba construyendo en Roma, pero el Senado ordenó la reparación y amonestó al censor (por falta de medios ya no fue restaurado pero continuó existiendo al menos hasta el 36 adC).Siglos posterioresFue teatro de algunos combates durante las guerras de los generales bizantinos Belisario y Narsés contra los ostrogodos, cuando era una de las pocas ciudades de cierta importancia del sur de Italia. Quedó bajo soberanía bizantina hasta la conquista normanda.Patrimonio culturalLa ciudad tiene lugares de mucho interés como el Anticuario de Torre Nao, Castillo de Carlos V, el Museo arqueológico nacional de Crotone, el Museo cívico de Crotona, el Museo provincial de arte contemporáneo de Crotona y la Pinacoteca cívica de Crotona.
Como gran parte de las localidades europeas una de sus principales actividades económicas es el turismo, pero el turismo se encuentra obstaculizado por varios factores: El exceso de edificación (precisamente con objetivos turísticos), a lo anterior se suma la actividad industrial poco planificada que ha provocado diversos tipos de polución. En efecto, durante el siglo XX se ha desplegado con un erróneo planteo un polo de desarrollo industrial en la ciudad de Crotona y en sus adyacencias: Metalurgia de cinc, cadmio, industrias químicas (principalmente de ácido nítrico y cloro).Deportivo El 23 de mayo 1996 gaño Angel Edo la 5^ etapa del Giro D'italia.El Equipo de futbol Football Club Crotone juega en el Torneo de la Serie B Italiana Mucho importante la sociedad del judo presente a los juegos olímpicos de Atene en 2004 con Giuseppina Macri
Nota*: El nombre Cortona que en algunos textos se da a esta ciudad se confunde con el de una pequeña ciudad de Toscana llamada precisamente Cortona. Crotoniatas ilustresNacieron en Crotona los médicos Alcmeón y Democedes (este último médico del rey Darío I de Persia) y un gran número de filósofos pitagóricos, entre los que destacan el mencionado médico Alcmeón de Crotona y Filolaos. También era originario de la ciudad el atleta Milón.